TRIPS协议明确规定，无论是自由贸易纠纷，还是知识产权纠纷，都应该由争议双方进行磋商，或者是请第三方进行斡旋。在磋商、斡旋等手段不能解决相关问题时，还可以提交专家小组进行裁定，如果对裁定不服可以提请上级机构进行最终的裁定，一旦作出，所有缔约方必须遵守，败诉方不遵守，根据授权胜诉方可以采取一定的合理的贸易制裁措施。所以，我们看到，在知识产权保护进入TRIPS时代后，知识产权国际保护的秩序发生了非常重要的变化，那就是WTO的缔约方试图绕开TRIPS协议，绕开WTO签订的一系列的多边双边协定，重新进行秩序架构。